MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Rickettsia prowazekii str. Madrid E chromosome

Total Repeats: 7882

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000963	ATT	2	6	834	839	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_000963	TATT	2	8	869	876	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_000963	GTT	2	6	884	889	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_000963	ATTT	2	8	1300	1307	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_000963	TAT	2	6	3735	3740	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_000963	TAG	2	6	5884	5889	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_000963	ATT	2	6	5895	5900	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_000963	TCT	2	6	5901	5906	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_000963	GTT	2	6	5908	5913	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_000963	TAA	2	6	5926	5931	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_000963	TA	3	6	5936	5941	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_000963	T	9	9	5993	6001	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_000963	CAT	2	6	6022	6027	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_000963	TAA	2	6	6037	6042	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_000963	ATA	2	6	6120	6125	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_000963	GGCT	2	8	6126	6133	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_000963	TA	4	8	6156	6163	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_000963	ATT	2	6	6174	6179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_000963	TTTA	2	8	6199	6206	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_000963	TAAA	2	8	6218	6225	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_000963	TTA	2	6	7503	7508	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_000963	ATT	2	6	7554	7559	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_000963	AT	3	6	7580	7585	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_000963	ACA	2	6	7637	7642	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_000963	TA	3	6	8733	8738	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_000963	TAT	2	6	8750	8755	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_000963	TGACT	2	10	8807	8816	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_000963	TTA	2	6	8863	8868	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_000963	TAA	2	6	8904	8909	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_000963	ATTT	2	8	8915	8922	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_000963	TTTA	2	8	8963	8970	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_000963	GATAC	2	10	8991	9000	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_000963	TTA	2	6	9008	9013	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_000963	A	6	6	9067	9072	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_000963	ACC	2	6	9081	9086	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_000963	GTA	2	6	9112	9117	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_000963	CAT	2	6	9142	9147	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_000963	ATT	2	6	9155	9160	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_000963	CAT	2	6	9178	9183	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_000963	ACA	2	6	9190	9195	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_000963	TAA	2	6	9199	9204	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_000963	TATT	2	8	9211	9218	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_000963	TAAT	2	8	9257	9264	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_000963	TTA	2	6	9340	9345	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_000963	ATTTA	2	10	9350	9359	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_000963	TAT	2	6	9402	9407	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_000963	AAT	2	6	9452	9457	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_000963	TAT	2	6	9476	9481	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_000963	AGA	2	6	11810	11815	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_000963	ATA	2	6	14367	14372	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_000963	TTA	2	6	14377	14382	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_000963	TA	3	6	14389	14394	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_000963	GTT	2	6	14432	14437	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_000963	TTA	2	6	14446	14451	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_000963	GTA	2	6	14463	14468	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_000963	A	7	7	14468	14474	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_000963	TTG	2	6	14499	14504	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_000963	ATT	2	6	14513	14518	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_000963	T	6	6	14550	14555	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_000963	AT	3	6	14557	14562	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_000963	TA	3	6	14585	14590	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_000963	TAAAC	2	10	14640	14649	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_000963	ATT	2	6	14664	14669	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_000963	ATC	2	6	14704	14709	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_000963	TAAG	2	8	14760	14767	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_000963	ATTA	2	8	14781	14788	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_000963	AAG	2	6	14815	14820	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_000963	AAAG	2	8	14850	14857	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_000963	A	6	6	14897	14902	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_000963	ATT	2	6	14925	14930	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_000963	TTG	2	6	14938	14943	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_000963	ATT	2	6	14984	14989	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_000963	AT	3	6	15001	15006	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_000963	TTAT	2	8	15021	15028	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_000963	TAA	2	6	17863	17868	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_000963	A	7	7	17874	17880	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_000963	GAA	3	9	17903	17911	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_000963	ATA	2	6	19082	19087	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_000963	ACC	2	6	19132	19137	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
80	NC_000963	ATA	2	6	19229	19234	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_000963	TAA	2	6	19242	19247	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_000963	AAG	2	6	19264	19269	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_000963	TTA	2	6	19306	19311	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_000963	ATTTA	2	10	19316	19325	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_000963	CTT	2	6	19380	19385	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_000963	TATT	2	8	19386	19393	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_000963	ATCTAA	2	12	19395	19406	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_000963	ATT	2	6	19407	19412	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_000963	TAG	2	6	19443	19448	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_000963	AGTTT	2	10	19514	19523	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_000963	A	6	6	19546	19551	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_000963	GTAA	2	8	19560	19567	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_000963	AAT	2	6	19572	19577	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_000963	TTAT	2	8	19638	19645	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_000963	TCAA	2	8	19670	19677	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_000963	AT	3	6	19679	19684	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_000963	CAT	2	6	19730	19735	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_000963	TATAA	2	10	19747	19756	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_000963	GTAA	2	8	19839	19846	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
100	NC_000963	TA	3	6	19866	19871	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_000963	AT	3	6	19879	19884	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_000963	TAG	2	6	19899	19904	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_000963	GTA	2	6	20023	20028	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_000963	TAA	2	6	20029	20034	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_000963	ATAG	2	8	20074	20081	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_000963	AAT	2	6	20106	20111	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_000963	A	8	8	20119	20126	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_000963	A	8	8	20142	20149	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_000963	ATTA	2	8	20178	20185	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_000963	GAA	2	6	20206	20211	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_000963	TAA	2	6	20224	20229	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_000963	A	9	9	20235	20243	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_000963	TAG	2	6	20244	20249	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_000963	AGT	2	6	20337	20342	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_000963	TAT	2	6	20398	20403	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_000963	A	6	6	20414	20419	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_000963	AAT	2	6	20425	20430	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_000963	TA	3	6	20435	20440	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_000963	AT	3	6	20531	20536	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_000963	AATCT	2	10	20557	20566	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_000963	ATT	2	6	20584	20589	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_000963	AAG	2	6	20643	20648	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_000963	GTT	2	6	20673	20678	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_000963	AAT	2	6	20710	20715	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_000963	ATCA	2	8	20740	20747	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_000963	ATA	2	6	20770	20775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_000963	TA	3	6	20856	20861	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_000963	TCT	2	6	20903	20908	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_000963	TAAAA	2	10	20918	20927	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_000963	ATC	2	6	20933	20938	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_000963	A	6	6	21017	21022	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_000963	T	6	6	21029	21034	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_000963	A	8	8	21036	21043	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_000963	A	6	6	21080	21085	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_000963	TGA	2	6	21092	21097	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_000963	AACA	2	8	21101	21108	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_000963	GTAT	2	8	21140	21147	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_000963	TAAT	2	8	22413	22420	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_000963	AT	3	6	24347	24352	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_000963	TAC	2	6	24983	24988	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_000963	TCTT	2	8	25028	25035	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_000963	TTA	2	6	25158	25163	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_000963	CTG	2	6	26036	26041	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_000963	TAG	2	6	26045	26050	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_000963	TAAA	2	8	26849	26856	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_000963	A	7	7	26854	26860	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_000963	TA	3	6	26898	26903	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_000963	TTA	2	6	26907	26912	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_000963	TTC	2	6	26927	26932	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_000963	ATT	2	6	26940	26945	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_000963	ATT	2	6	27022	27027	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_000963	CAG	2	6	27051	27056	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_000963	AAT	2	6	28182	28187	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_000963	ATT	2	6	28194	28199	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_000963	AT	3	6	28201	28206	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_000963	TAG	2	6	28234	28239	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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158	NC_000963	ATT	2	6	28290	28295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_000963	ATA	2	6	28433	28438	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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161	NC_000963	TGC	2	6	28538	28543	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_000963	TTC	2	6	28561	28566	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_000963	TGA	2	6	28626	28631	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
164	NC_000963	T	6	6	28638	28643	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_000963	TAA	2	6	28693	28698	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_000963	A	8	8	28740	28747	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_000963	CAT	2	6	28756	28761	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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169	NC_000963	TAA	2	6	28775	28780	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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173	NC_000963	T	6	6	28966	28971	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_000963	T	6	6	29006	29011	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_000963	AT	3	6	29025	29030	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_000963	T	6	6	29049	29054	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
177	NC_000963	AT	3	6	29066	29071	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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183	NC_000963	TGA	2	6	29223	29228	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
184	NC_000963	GTA	2	6	29233	29238	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
185	NC_000963	AT	3	6	29267	29272	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_000963	ATT	2	6	29277	29282	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_000963	TAA	2	6	29303	29308	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_000963	T	6	6	29313	29318	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_000963	ATT	2	6	29321	29326	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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195	NC_000963	ATC	2	6	29465	29470	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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198	NC_000963	TTA	2	6	29594	29599	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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291	NC_000963	GTA	2	6	36542	36547	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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